Paleolitik Çağdan itibaren zamanımıza kadar her devrin çeşitli ve tarihi vesikalarını bünyesinde toplayan Hatay'da ilk kez 1932 yıllarında bilimsel kazılara başlanmıştır. Çalışmaların henüz ilk yıllarında bulunan çok sayıdaki eserlerden dolayı, Fransız idaresinde bulunan Hatay'da görevli, Antikiteler müfettişi M.Prost'un isteğiyle Antakya'da bir müze kurulmasına karar verilmiştir. Günün modern müzecilik anlayışına uygun olarak hazırlanan plan 1934 yılında uygulanmıştır. 1939 yılında inşaatı tamamlanan müzede, üç ayrı bilimsel kazıda bulunan eserler yer almaktadır.