İkinci dünya savaşı yıllarında bütün dünyada yükselen ırkçı ve milliyetçi akımlar Türkiye'yi de etkiler. Yücel'in gerçekleştirdiği reformlardan rahatsız olan aşırı milliyetçi ve gerici kesimler, Yücel'i, eserlerini ve çalışma arkadaşlarını acımasızca eleştirmeye başlarlar. Yücel bu dönemde yapılan bir suikastı şans eseri yara almadan atlatır.
Naziler ile etkin bir işbirliğine giren gerici güçler, 1940'larda başlatılan hümanist akımı ''sol hareket'' olarak adlandırırlar.
Savaş sonrası önce milliyetçi akım taraftarları tutuklanır. Ardından üniversitedeki aydın öğretim üyelerine işten el çektirilir.
Bu kargaşa ortamında, İnönü çok partili yaşama geçme kararı verir. Yücel ve Falih Rıfkı Atay, İnönü ile yaptıkları uzun görüşmelerde onu bu kararından vazgeçirmeye çalışırlar. Yücel halkın gerçek bir demokrasiye hazır olmadığını, bu uygulamanın tepeden inme yanlış bir demokrasi olacağını belirterek ısrarla İnönü'ye bir süre daha beklemesini ve Köy Enstitüleri ile ilgili çalışmalarına hız vermesini önerir. Ancak kabul görmez.
1946 seçimleri öncesi İzmir'de çalışan Yücel, buradaki propagandaların bir parti programından çok, yer yer gericiliği tahrik eden, Atatürk ve eserlerini yıkma amacı taşıyan bir çalışma olduğunu görür. Ankara'ya döndüğünde gelecekten ve demokrasiden ümidini kesmiş olarak politikadan çekilmeye karar verir. 5 Ağustos 1946'da 7 yıl 7 ay görev yaptığı bakanlıktan istifa eder.
Yücel'in eğitim politikası geniş çaplı yatırımlar ve devlet öncülüğü ile ilk kez batının düşün dünyasının halka sunulduğu gerçek bir demokrasi için temellerin atıldığı,ülkenin geniş anlamda dünyaya açıldığı bir dönem olarak tanımlanabilir.
Bakanlıktan istifası, yaşamının olağanüstü verimli bir döneminin sona erdiği,şahsına ve eserlerine karşı karalamaların, iftiraların ve saldırıların yoğunlaştığı bir dönemin başlangıcı olur.
İstifadan sonra gazetecilik mesleğine dönen Yücel, C.H.P.’ nin yayın organı Ulus gazetesinde yazılar yazmaya başlar. Bir süre sonra yazılarının yayınlanmadığını görür. Sebebini araştırdığında İnönü'nün talimatıyla yazılarının engellendiğini öğrenir.
''Düşüncelerimi açıkça ifade edemeyeceğim bir kuruluşta daha fazla kalamam'' der ve partiden istifa eder.
1952'de Cumhuriyet gazetesinde ''Köşemden'' başlıklı köşesinde yazılar yazmaya başlar. 1956'da buna paralel olarak ''İş Bankası Kültür Yayınları'' nı yönetmeye başlar.
1960'ta başlangıçta büyük bir coşkuyla desteklediği ihtilalden bir süre sonra Cumhuriyet gazetesindeki yazıları da engellenir. Kalp ve şeker hastalığı iyice artar, 26 Şubat 1962 sabahı bir kalp krizi sonucu yaşamdan ayrılır.
Ölümünden sonra adı sevenleri tarafından çeşitli etkinliklerle anılır. Ancak karşıtları da boş durmazlar. Aşağılayıcı tavırlarını ve öç alma girişimlerini günümüze değin sürdürürler. Kuruluşunda büyük emek verdiği bugün Türk Ansiklopedisi olarak bilinen İnönü Ansiklopedisi'nin '' Y '' harfinde Yücel maddesine rastlanmamaktadır. Okul kitapları Yücel'den bahsetmez. Türk eğitim tarihine ilişkin yapılan sözde bilimsel araştırmalarda Yücel'in başkanlık yaptığı dönem yer almaz.
1994 'te A.D.D tarafından ''Atatürk Ödülü'' ile ödüllendirilir.
1995'te UNESCO doğumunun 100. yıldönümü nedeniyle 1997 yılını dünya genelinde HASAN ALİ YÜCEL yılı olarak ilan eder.
Ne yazık ki bundan da ülkemizde yeterince bahsedilmez.